Během své vědecké činnosti byl Jiří Wackermann autorem nebo spoluautorem ca. 80 původních sdělení v odborných časopisech, četných příspěvků do sborníků z konferencí, a řady knižních kapitol. Jeho badatelské zájmy pokrývají několik tématických oblastí:

Neurofysiologie a elektrofysiologie mozku

• Nelineární metody ve zkoumání elektrické aktivity mozku
• Metodika stavového prostoru a globální deskriptory EEG
• Identifikace funkčních mikrostavů mozku

Psychofysiologie a výzkum vědomí

• Experimentálně navozené změny stavu vědomí

Psychofysika a výzkum vnímání

• Vnímání času a míra "subjektivního času"
• Geometrie zrakového pole a "geometricko–optické iluse"

Historie a filosofie vědy

• Základní otázky psychofysiologie a psychofysiky